Fonksiyonel tıp tedavisinin süresi, hastalığın kronikliğine ve kompleksliğine bağlı olarak 6-9 aya kadar uzayabilir. Genellikle, tedavi süreci şu şekilde planlanır: 1. İlk 6 hafta: Yoğun tedavi dönemi, laboratuvar testleri, besin takviyeleri ve serum uygulamaları dahil. 2. Sonraki 6 hafta: Önerilere uyumun değerlendirilmesi, diyetin sürdürülebilir bir beslenme planına dönüştürülmesi. 3. 12. hafta (3. ay): Tedavi sürecinin sonuçlarının değerlendirilmesi, uzun vadeli önerilerin yapılması. Tedavi planı, hastanın bireysel özelliklerine göre doktor tarafından belirlenir.