Çölyak hastalığında ilaç tedavisi yoktur. Çölyak hastalığının tek tedavi şekli, ömür boyu glüten içeren yiyeceklerden uzak durmaktır. Glutensiz diyete ilave olarak; demir, B12, folik asit, vitamin D, kalsiyum, çinko, bakır, magnezyum, vitamin C ve E desteği sağlanmalıdır. Glutensiz diyete tekrar gluten dahil edilmesi halinde bağırsak hasarı tekrar oluşacağından, diyete kesinlikle uyulmalıdır. Çölyak krizi denilen; şiddetli ishal, aşırı kilo kaybı, dehidratasyon, asidoz, hipokalsemi, hipoproteinemi gibi bulguların olduğu durumda glukokortikoidler kullanılabilir. Gelecekte çölyak hastalığı ile ilgili kullanılabilecek ilaçlar konusunda çalışmalar sürmektedir.