Modern taksonomi ve klasik taksonomi arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yaklaşım: Modern taksonomi, genetik, moleküler biyoloji ve evrimsel özellikler gibi bilimsel verilere dayanırken, klasik taksonomi dış görünüş ve anatomik özelliklere göre sınıflandırma yapar. 2. Sınıflandırma Basamakları: Modern taksonomide kullanılan kategoriler arasında "domain" gibi ek seviyeler bulunurken, klasik sınıflandırmada alem, şube, sınıf, takım, aile, cins ve tür gibi basamaklar yer alır. 3. Akrabalık İlişkileri: Modern taksonomi, türler arasındaki akrabalık ilişkilerini daha doğru bir şekilde belirlemeye olanak tanırken, klasik taksonomide bu ilişkiler yeterince anlaşılamazdı.