Reşid Behbudov'un ölümüne dair çeşitli iddialar bulunmaktadır. Bazı iddialara göre, 1988 yılında Hindistan'da Stepan Şaumyan'ın cenazesiyle ilgili bir kamera kaydının eline geçmesi ve bu durumu SSCB Yüksek Sovyet (parlamento) üyesi olan Mihail Gorbaçov ile tartışması, Behbudov'un itibar suikastına uğramasına ve toplumda yokmuş gibi davranılmaya başlanmasına neden olmuştur. Eşi Ceyran Hanım'ın anlattığına göre, bu olaydan sonra Behbudov, hastanede tetkikler için bir odaya alınmış ve hiç beklemedikleri anda bir hemşirenin "Reşid Behbudov vefat etti" demesiyle sanatçı hayatını kaybetmiştir. Azerbaycan'ın önemli tarihçileri, bu ölümü bir suikast olarak değerlendirmektedir. Resmi kayıtlara göre ise Reşid Behbudov, 9 Haziran 1989 tarihinde Moskova'da vefat etmiştir.