FTIR spektroskopisi ile çeşitli örnekler analiz edilebilir, bunlar arasında: Kimya ve malzeme bilimi: Kimyasal bileşikler, polimerler, plastikler, kaplamalar, yapıştırıcılar ve boyalar. Farmasötik ve biyoteknoloji: İlaç bileşenleri ve formülasyonları, proteinler, enzimler ve biyomoleküller. Gıda ve tarım endüstrisi: Gıda ürünlerindeki yağ, protein ve karbonhidrat içeriği, pestisit kalıntıları. Çevre analizleri: Su ve hava kirleticileri, toprak ve biyokütledeki organik madde. Adli bilimler: Sahtecilik ve kimyasal izler, parmak izi bileşenleri. Ayrıca, FTIR spektroskopisi katı, sıvı ve gaz numuneler üzerinde de analiz yapabilir.