Çağdaş Uygurca'nın ses özellikleri şunlardır: 1. Ünlüler: Uygurcada 8 ünlü (a, ä, e, i, o, u, ö, ü) bulunur. 2. Ünsüzler: 24 ünsüz (b, c, ç, d, f, g, ğ, h, j, k, l, m, n, ñ, p, q, r, s, ş, t, v, x, y, z) vardır. 3. Kelime Başındaki Sesler: Uygurcada kelime başındaki t sesi korunur (tewe "deve", tirig "diri"). 4. Kelime İçindeki ve Sonundaki Sesler: Göktürkçede kelime içindeki b sesi Uygurcada w sesine döner (yalbar- "yalvar"). 5. Nazal n (ŋ) Sesi: Uygurcada ŋ (nazal n) sesi korunur (köŋül "gönül"). 6. Yardımcı Ünlü: Uygurcada yardımcı ses olarak kullanılan ı ünlüsü bazen genişler (tınlıglarag "canlıları").