Çağdaş Uygurcanın ses özellikleri şunlardır: Ünlüler: a, ä, e, i, o, u, ö, ü olmak üzere 8 ünlü vardır. Ünsüzler: b, c, ç, d, f, g, ğ, h, j, k, l, m, n, ñ, p, q, r, s, ş, t, v, x, y, z olmak üzere 24 ünsüz bulunur. İki türlü "e" sesi: ə sesi Türkiye Türkçesindekinden daha açık, e sesi ise daha kapalı telaffuz edilir. q ve ğ sesleri: Türkçedekinden daha kalındır ve gırtlağa daha yakın olarak telaffuz edilir. x sesi: Sert olarak telaffuz edilen bir gırtlak sesidir. ng sesi: Artdamaksı n sesidir. Ayrıca, Uygurcada ünlü değişmeleri, yuvarlaklaşma, düzleşme, ünsüz düşmesi ve ünsüz türemesi gibi ses olayları da görülür.