Antikodon ve kodon, tRNA ve mRNA arasında eşleşir. Kodon, mRNA'da bulunan ve üç ribonükleotitten oluşan bir dizidir. Antikodon, tRNA üzerinde bulunan ve mRNA'daki kodona karşılık gelen üç bazlık nükleotid dizisidir. Eşleşme şu şekilde gerçekleşir: Bir mRNA kodonundaki ilk iki baz, tRNA'daki antikodon ile her zaman güçlü Watson-Crick baz eşleşmesi yapar. Antikodondaki ilk baz, kodondaki üçüncü bazın karşısındaki bazdır ve tRNA tarafından tanınan kodonların sayısını belirler. 3. pozisyondaki baz için kodon-antikodon arasında hidrojen bağının kurulmasında esneklik vardır ve baz eşleşmesi kuralına sıkıca uyma zorunluluğu yoktur. Örneğin, UUU üçlüsü bir kodon gibi davranarak, antikodonu AAA olan tRNAphe'yi bağlar.