Biyoinformatik alanında çalışan bir kişinin bilmesi gereken bazı programlar şunlardır: R: İstatistiksel veri analizi için kullanılır. Python: Veri organizasyonu, dizi analizi, SNP veri analizi, genom referansları ve açıklamalarıyla çalışma, istatistiksel analiz, simülasyonlar, görselleştirme, filogenetik ağaç oluşturma, makromoleküler yapıları keşfetme ve mikrodizi verilerini işleme gibi birçok alanda kullanılır. Perl: Büyük metin verileriyle çalışma ve tekrarlayan görevleri otomatikleştirme için kullanılır. Java: Taşınabilirlik ve performans nedeniyle tercih edilir. C++: Performans kritik uygulamalar, örneğin dizi hizalama ve genom montajı için kullanılır. Bash: Tekrarlayan görevleri otomatikleştirme ve büyük veri setlerini yönetme için kullanılan bir betik dilidir. Ayrıca, Linux işletim sistemi ve ilgili komutlar (SED, grep, AWK vb.) biyoinformatik araçlarda sıkça kullanılır.