Çekerek Nehri, Yozgat, Çorum, Sivas ve Tokat illerinin bazı ilçelerinden geçer. Çekerek Nehri'nin geçtiği ilçeler: Yozgat'ta Merkez, Sorgun, Aydıncık, Çekerek, Kadışehri, Akdağmadeni, Saraykent, Çayıralan; Çorum'da Alaca ve Ortaköy; Tokat'ta Artova, Sulusaray ve Yeşilyurt; Sivas'ta Yıldızeli.