Köyceğiz'de iki önemli göl bulunmaktadır: Köyceğiz Gölü ve Sarsala Koyu. 1. Köyceğiz Gölü: Muğla ilinin güneydoğusunda yer alan, 52 km² yüzölçümü ile Türkiye'nin 16. büyük gölüdür. 2. Sarsala Koyu: Köyceğiz'e oldukça yakın bir konumda yer alan, 2 kilometre genişlik ve 1,5 kilometre uzunluğa sahip küçük bir göldür.