Mustafa Erdoğan'ın bazı kitapları: Hukuk ve Adalet (Ankara: Hukuk Yayınları, 2. b., 2022); Liberal Perspektif (Ankara: Orion Kitabevi, 2021); Hukukun Üstünlüğü Elkitabı (Özgürlük Araştırmaları Derneği, e-kitap, 2020); Türk Anayasa Hukuku (Ankara: Hukuk Yayınları, 2. b., 2019); Anayasa Hukukuna Giriş: Genel Esaslar (Ankara: Hukuk Yayınları, 2. b., 2019); Özgürlük, Hukuk ve Demokrasi (Ankara: Siyasal Kitabevi, 2018); Anayasal Demokrasi (Ankara: Siyasal Kitabevi, 13. b., 2017); Türkiye’de Anayasalar ve Siyaset (Ankara: Orion Kitabevi, 9. b., 2016); Özgürlük Perspektifinden Hukuk ve Demokrasi (İstanbul: Kesit Yayınları, 2013); Anayasa Hukuku (Ankara: Orion Yayınevi, 7. b., 2011). Ayrıca, Mustafa Erdoğan'ın "Anayasa ve Özgürlük", "Demokrasi, Lâiklik, Resmi İdeoloji" gibi kitapları da bulunmaktadır.