Kortizonun yan etkileri, kullanım şekline, dozuna ve süresine bağlı olarak değişebilir. Yaygın yan etkiler arasında şunlar bulunur: Baş ağrısı ve huzursuzluk. Kilo alımı. Uyku problemleri. Mide bulantısı ve kusma. Deri incelmesi ve kızarıklık. Yüksek tansiyon. Kas zayıflığı ve osteoporoz. Göz tansiyonu (glokom). Enfeksiyonlara yatkınlık. Kan şekerinde artış. Daha ciddi yan etkiler arasında ise şunlar yer alır: Nöbetler. Nefes darlığı ve kalp yetmezliği. Kemik kırıkları. Tüberküloz (verem). Kortizon kullanımı sırasında herhangi bir yan etki görüldüğünde, derhal bir sağlık uzmanına başvurulmalıdır.