Bayer soyismi, şirketin kurucusu Friedrich Bayer'in adından gelmektedir. Ayrıca, Bayer ismi Almanca'da "çiftçi" anlamına da gelir, bu da şirketin başlangıçta tarımsal ürünler üzerinde yaptığı çalışmalarla bağlantılı olabilir. Soyisminin kökeni açısından, Bayer aynı zamanda Almanya'nın Bavyera bölgesine ait bir isimdir ve bu bölge ile kültürel bir bağ taşır.