Tıbbi mikrobiyoloji ve klinik mikrobiyoloji aynı değildir, ancak birbiriyle yakından ilişkili iki farklı uzmanlık alanını ifade eder. Tıbbi mikrobiyoloji, mikroorganizmaların insan vücudu üzerindeki etkilerini ve enfeksiyonların biyolojik mekanizmalarını inceleyen daha geniş bir alandır. Klinik mikrobiyoloji ise, hastalıklara neden olan mikroorganizmaların tanımlanması, teşhis edilmesi ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesiyle ilgilenir. Her iki alan da enfeksiyon hastalıklarıyla mücadele, tanı ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi konularında kritik bir öneme sahiptir.