Şap aşısından sonra karantina uygulaması şu şekilde yapılır: 1. Aşı Yapılan Hayvanların İzolasyonu: Şap aşısı yapılan hayvanlar, diğer hayvanlardan ayrı bir yerde en az 20 gün boyunca karantinaya alınır. 2. Ahırların Dezenfeksiyonu: Karantina süresince ahırların girişlerinde bulunan paspaslar ve giriş havuzları, sodyum karbonat, bakır sülfat, sitrik asit gibi dezenfektan maddelerle sürekli olarak muamele edilir. 3. Giriş-Çıkış Kontrolü: Karantina altındaki ahırlara ve çiftliğe izinsiz kimsenin ve araçların girişi engellenir. 4. Malzeme Kontrolü: Yem, saman, altlık gibi malzemelerin giriş ve çıkışına izin verilmez. 5. Hasta Hayvanların Yönetimi: Hasta hayvanlar ayrı bir yere alınır ve sütleri süt satıcılarına verilmez. Bu önlemler, şap hastalığının yayılmasını önlemek için gereklidir.