HPV enfeksiyonunun kansere dönüşme riski, virüsün tipine, enfeksiyonun süresine ve kişinin bağışıklık sistemine bağlı olarak değişir. HPV'ye bağlı hücresel değişikliklerin kansere dönüşmesi genellikle 10-15 yıl sürebilir, ancak bu süre bireyden bireye değişebilir. HPV ile ilişkili kanser türleri arasında rahim ağzı kanseri, vajina kanseri, vulva kanseri, penis kanseri, ağız ve boğaz kanserleri (özellikle orofaringeal kanser) ve anüs kanseri bulunur.