Faktör II eksikliğinin (protrombin eksikliği) nedenleri kalıtsal ve edinsel olarak ikiye ayrılır: Kalıtsal nedenler: Resesif gen: Faktör II eksikliği, otozomal resesif bir genetik bozukluktur; bu, her iki ebeveynin de mutasyona uğramış geni taşıması gerektiği anlamına gelir. Çocukluk dönemi: Genellikle çocukluk döneminde kendini gösterir ve hastalar küçük yaşlardan itibaren tedavi görebilir. Edinsel nedenler: Karaciğer hastalıkları: Özellikle siroz ve hepatit, protrombin üretimini azaltarak eksikliğe yol açabilir. K vitamini eksikliği: Yetersiz beslenme, bağırsak emilim bozuklukları veya uzun süreli antibiyotik kullanımı nedeniyle ortaya çıkabilir. Antikoagülan ilaçlar: Varfarin gibi kan sulandırıcı ilaçlar, protrombin üretimini baskılayarak eksikliği tetikleyebilir. Otoimmün bozukluklar: Bağışıklık sisteminin kendi vücut dokularına saldırdığı durumlar, protrombin seviyelerini azaltabilir. Kanser ve tümörler: Karaciğeri etkileyen durumlar, protrombin üretimini bozabilir. Yenidoğanlar: K vitamini eksikliği nedeniyle geçici bir eksiklik görülebilir, bu durum genellikle K vitamini enjeksiyonuyla tedavi edilir.