Mikro HES'lerin çevreye etkileri şu şekilde özetlenebilir: Ekolojik tahribat: Mikro HES projeleri, inşaat aşamasında ormanların tahrip edilmesine ve yaban hayvanlarının yaşam alanlarının zarar görmesine neden olur. Su kaynaklarının kullanımı: HES'ler, suyun büyük bir kısmını kullanarak doğal akış düzenini değiştirir ve bu durum, tarımsal faaliyetleri ve sucul ekosistemleri olumsuz etkiler. Sera gazı salınımı: Su altında kalan bitki örtüsünün çürümesi, büyük miktarda sera gazı salınımına yol açar, bu da iklim değişikliğine katkıda bulunur. Sosyal ve kültürel etkiler: Planlanan projeler, yerel halkın sosyal ve kültürel yaşamını olumsuz etkileyebilir. Ayrıca, 0,5 MW gücün altındaki HES projelerinin Çevresel Etki Değerlendirmesi (ÇED) sürecine tabi olmaması, bu projelerin çevreye olan etkilerini artırmaktadır.