Mikro HES'lerin karbon ayak izi, doğrudan karbon emisyonları ve dolaylı karbon ayak izi olarak iki kategoride değerlendirilir. Doğrudan karbon ayak izi, mikro HES'lerin faaliyetleri sırasında kullanılan fosil yakıtlar nedeniyle oluşan emisyonları ifade eder. Dolaylı karbon ayak izi ise, mikro HES'lerin tedarik zinciri içindeki tüm süreçleri kapsar; bu, ürünlerin imalatından tüketimine ve geri dönüşümüne kadar olan tüm aşamalarda atmosfere salınan karbondioksit miktarını içerir. Karbon ayak izinin kesin bir değeri yoktur; bu, çeşitli metodolojiler ve hesaplama araçları kullanılarak belirlenen bir ölçümdür.