Şehir Hastanelerinin sahibi, Türkiye Cumhuriyeti Sağlık Bakanlığı'dır. Ancak, hastanelerin işletmesini özel şirketler üstlenmektedir; örneğin, Adana, Bursa, Elazığ, Yozgat ve İstanbul Başakşehir şehir hastanelerinin işletmesi Rönesans Holding tarafından yapılmakta olup, bu holding işletmeyi Danimarkalı ISS şirketine devretmiştir.