Kontrol çaprazlaması, baskın fenotipli bir bireyin genotipini belirlemek için yapılan bir çaprazlamadır. Bu işlem şu şekilde örneklendirilebilir: Örnek: Kedilerde kısa kıllılık baskın, uzun kıllılık çekinik bir özelliktir. Kısa kıllı bir kedinin genotipini belirlemek için: 1. Kısa kıllı kedi (baskın fenotipli), uzun kıllı bir kedi ile çaprazlanır. 2. Eğer çaprazlama sonucunda meydana gelen yavruların hepsi kısa kıllı olursa, genotipi araştırılan birey büyük olasılıkla homozigottur (AA genotipindedir). 3. Eğer yavruların bazıları uzun kıllı olursa, genotipi araştırılan birey heterozigottur (Aa genotipindedir). Bu yöntem, bezelyelerde de benzer şekilde uygulanır.