Nikita Mikhalkov'un en iyi filmi konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı eleştirmenler ve kaynaklar tarafından öne çıkarılan filmler şunlardır: 1. "Güneş Yanığı" (Burnt by the Sun, 1994): Bu film, Mikhalkov'un yönetmen, senarist ve oyuncu olarak yer aldığı, Stalin dönemini eleştiren bir dramadır ve Cannes Film Festivali'nde Grand Prix, Akademi Ödülleri'nde ise En İyi Yabancı Film ödülünü kazanmıştır. 2. "12" (2007): Mikhalkov'un yönettiği ve başrol oynadığı bu film, Sidney Lumet'in "12 Angry Men" uyarlaması olup, Venedik Film Festivali'nde Özel Aslan ödülünü almıştır. 3. "Sibirya Berberi" (Sibirskiy tsiryulnik, 1998): Mikhalkov'un yönettiği ve yapımcılığını üstlendiği bu komedi filmi, Sovyet sonrası Rusya'nın patriotik bir extravaganzası olarak değerlendirilmektedir.