E-imzada desteklenen formatlar arasında en yaygın olanlar PDF, Microsoft Word (DOC/DOCX), Microsoft Excel (XLS/XLSX) ve Microsoft PowerPoint (PPT/PPTX)'dir. PDF: Elektronik imza için en yaygın kullanılan formattır çünkü imzalandıktan sonra belgenin değiştirilmesini zorlaştırır ve her cihazda aynı görünümü korur. Word: Daha kolay düzenleme imkanı sağlar, ancak imzalandıktan sonra PDF formatına dönüştürülmesi önerilir. Excel: Finansal veriler veya tablolar içeren belgeler için tercih edilebilir, imza işleminden sonra PDF'e dönüştürülmesi güvenli olacaktır. Ayrıca, e-imza araçları genellikle görüntü dosyası formatlarını (BMP, GIF, JPEG, PNG, TIFF) ve Zengin Metin Biçimi (RTF) gibi diğer formatları da destekler.