Müdürün, müdürünün emrine karşı gelmesi durumunda, 657 sayılı Devlet Memurları Kanunu'na göre çeşitli yaptırımlar uygulanabilir: 1. Uyarma Cezası: Müdür, verilen emir ve görevlerin tam ve zamanında yapılmasında kayıtsızlık gösterirse veya düzensiz davranırsa uyarma cezası alır. 2. Kınama Cezası: Müdür, verilen emir ve görevlerin tam ve zamanında yapılmasında kusurlu davranırsa kınama cezası verilir. 3. Aylıktan Kesme Cezası: Müdür, verilen emri kasıtlı olarak tam ve zamanında yapmazsa aylıktan kesme cezası ile cezalandırılır. Ayrıca, müdürün aldığı emrin Anayasa, kanunlar veya yönetmeliklere aykırı olduğunu düşünmesi halinde, bu emri yerine getirmeme ve durumu amirine bildirme hakkı da vardır.