Gümrük vergilerinin geri verilmesi başvurusu, ilgilinin üç yıl içinde gümrük idaresine müracaatı üzerine yapılır. Başvuru süresi, geri verme sebebine göre farklılık gösterir: Gümrük beyannamesinin iptali durumunda, başvuru beyannamenin iptal edilmesi için öngörülen süreler içinde yapılmalıdır. Eşyanın kusurlu veya sözleşme hükümlerine aykırı olması halinde, vergilerin yükümlüye tebliği tarihinden itibaren bir yıl içinde başvuru yapılmalıdır. Uluslararası anlaşmalar kapsamında yapılacak geri vermelerde, gümrük vergilerinin yükümlüye tebliği tarihinden itibaren bir yıl içinde başvuru yapılır. Ayrıca, Gümrük Kanunu'nun 213. maddesi uyarınca, geri verilecek veya kaldırılacak gümrük vergileri için vergilerin yükümlüye tebliği tarihinden itibaren bir yıl içerisinde başvuru yapılması gerekir.