Gökkuşağı alabalıklarında en çok görülen hastalıklar arasında Yersiniozis, Furunkulozis, Vibriozis ve Streptokokkozis bulunmaktadır. Yersiniozis, Yersinia ruckeri tarafından oluşturulan ve durgunluk, deride kararma, yüzgeç tabanı ve anüste kanamalar gibi belirtilerle kendini gösteren bir hastalıktır. Furunkulozis, Aeromonas salmonicida'nın neden olduğu ve balıkların vücutlarında furunkullerin oluşmasıyla karakterize bir enfeksiyondur. Vibriozis, Vibrio anguillarum'un neden olduğu ve %50'yi aşan mortalite, letarji ve deride matlık gibi belirtilerle ortaya çıkan bir hastalıktır. Streptokokkozis, Lactococcus garvieae tarafından oluşturulan ve ekzoftalmus, deride kararma ve ülserasyon gibi belirtilerle görülen bir enfeksiyondur. Ayrıca, Soğuk Su Hastalığı ve Costiasis (Ichthyobodiosis) gibi hastalıklar da gökkuşağı alabalıklarında sıkça karşılaşılan diğer hastalıklardır.