Arılarda fenotipik varyasyon, bir arı kolonisi içinde bireylerin morfolojik ve davranışsal özelliklerindeki farklılıkları ifade eder. Fenotipik varyasyona neden olan bazı faktörler: Genetik faktörler: Arılardaki dil uzunluğu, kanat kuvveti, göz rengi ve saldırganlık gibi özellikler genler tarafından belirlenir. Çevre faktörleri: Çevre, kalitatif karakterlerin genler tarafından belirlenen şeklini etkilemese de, kantitatif fenotipleri etkileyebilir. Beslenme: Larva döneminde alınan besin miktarı ve kalitesi, arıların vücut büyüklüğünü ve morfolojik özelliklerini etkiler. Fenotipik varyasyon, arı ıslahı çalışmalarında önemli bir parametredir ve genetik varyasyonun belirlenmesinde kalıtım derecesi (h2) kullanılır.