Benzalkonyum klorür, antimikrobiyal özellikleri nedeniyle çeşitli alanlarda kullanılır: Dezenfektan ve antiseptik olarak, ev ve endüstriyel temizlik ürünlerinde, el dezenfektanlarında ve tıbbi ortamlarda cilt ve mukoza zarları için antiseptik olarak kullanılır. Kişisel bakım ürünlerinde, şampuan, sabun, kozmetik ve göz damlalarında mikroorganizmaların büyümesini engellemek için bulunur. Endüstriyel kullanım alanında, gıda işleme tesisleri ve hastanelerde dezenfektan formülasyonlarında yer alır. Diğer kullanım alanları arasında, kerestelerin korunması, veterinerlik, bira imalatı ve polimer-kaplama endüstrisi bulunur. Benzalkonyum klorür, düşük konsantrasyonlarda genellikle güvenli kabul edilse de, yüksek konsantrasyonlarda cilt tahrişine ve alerjik reaksiyonlara yol açabilir.