Pamuk şekerin hikayesi 19. yüzyıldan önce Avrupa'da şeker ustalarının karamelize edilmiş şeker ipliklerini elle çekerek yaptığı tatlılarla başlar. Modern pamuk şekerin icadı ise 1897 yılında Amerikalı diş hekimi William Morrison ve şekerleme üreticisi John C. Wharton tarafından gerçekleştirilmiştir. Bu yeni tatlı, ilk olarak 1904 yılında St. Louis Dünya Fuarı’nda "Fairy Floss" (Peri İpi) adıyla tanıtılmış ve büyük bir ilgi görmüştür. Günümüzde pamuk şeker, özellikle eğlence parkları ve festivallerde en çok tercih edilen atıştırmalıklar arasında yer almaktadır.