En iyi pizza peyniri olarak öne çıkan bazı seçenekler şunlardır: Mozzarella: Yumuşak ve elastik yapısı, mükemmel erime özelliği ve hafif sütlü tadıyla pizzaya çok yakışır. Cheddar: Güçlü ve keskin bir tat sunar, ancak tek başına kullanıldığında çabuk yanabilir; genellikle mozzarella ile karıştırılarak kullanılır. Kaşar: Kolay eriyen ve uzayan bir peynir olup, pizzaya altın rengi bir görünüm kazandırır. Parmesan: Zengin ve kokulu bir tada sahiptir, ancak yoğun tadı nedeniyle az miktarda kullanılması önerilir. Provolone: Yarı yumuşak bir dokuya sahip olup, küpler halinde doğrandığında güzel bir görünüm ve lezzet sağlar. Peynir seçimi, kişisel zevklere ve pizzanın diğer malzemelerine bağlı olarak değişebilir.