Boğaziçi Üniversitesi'nde yönetim sistemi, özerk, özgürlükçü, demokratik ve katılımcı ilkelere dayanmaktadır. Üniversitenin yönetiminde en fazla söz sahibi olan birimler Üniversite Yönetim Kurulu ve Üniversite Senatosu'dur. Akademik yönetim ise dört fakülte dekanı, altı enstitü müdürü, üç yüksekokul müdürü, otuz bir bölüm başkanı ve yirmi altı uygulama ve araştırma merkez müdürü tarafından sağlanmaktadır. Rektör, üniversitenin baş yöneticisi olup Cumhurbaşkanınca atanmaktadır.