Tomografi çektirmek, gerekli önlemler alındığında genellikle tehlikeli değildir. Tomografi sırasında hasta radyasyona maruz kaldığından, bu durumun uzun vadeli zararlarının düşük olsa da mevcut olduğu bilinmektedir. Ayrıca, ilaçlı tomografi çekiminde kullanılan kontrast madde, alerjik reaksiyonlara neden olabilir. Tomografi, hamileler ve hamilelik şüphesi taşıyan kişilerde tercih edilmez. Tomografi çektirmeden önce, mevcut hastalıkların ve vücutta takılı cihazların (örneğin, kalp pili) doktorla paylaşılması önemlidir. Tomografi çekilip çekilmemesi ve hangi yöntemin uygun olduğu konusunda bir doktora danışılması önerilir.