Makrofaji, yani makrofaj hücrelerinin artışı veya aktivasyonu, çeşitli hastalıklarda görülebilir: 1. Granülomlar: Makrofajlar, granülomların oluşumunda yer alır. 2. Ateroskleroz: Makrofajlar, aterosklerozun plak lezyonlarının oluşumunda önemli rol oynar. 3. Romatoid Artrit: Bu otoimmün hastalıkta makrofajlar, sağlıklı dokulara saldırarak hastalığın şiddetlenmesine neden olabilir. 4. HIV Enfeksiyonu: Makrofajlar, HIV tarafından enfekte edilebilir ve virüs replikasyonunun deposu olarak vücutta dolaşabilir. 5. Sepsis ve Kronik İnflamatuar Hastalıklar: Makrofaj aktivasyonu, sepsis ve bazı kronik inflamatuar hastalıklarda artar. Ayrıca, MAS (Makrofaj Aktivasyon Sendromu) gibi yaşam tehlikesi taşıyan hastalıklar da makrofajlarla ilişkilidir.