HIV'in en çok zarar verdiği organ hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Ancak, HIV enfeksiyonunun etkilediği bazı organlar şunlardır: Bağışıklık sistemi: HIV, bağışıklık sisteminin hücrelerini enfekte eder ve yok eder, bu da vücudun enfeksiyonlarla savaşmasını zorlaştırır. Beyin ve sinir sistemi: HIV, sinir hücrelerine zarar verebilir ve hafıza kaybı gibi nörolojik bozukluklara yol açabilir. Kalp: HIV enfeksiyonunun seyri sırasında kalp zarlarında iltihabi değişiklikler ve diğer kalp sorunları daha fazla görülür. Böbrekler: HIV enfeksiyonu, böbrek hasarına neden olabilir. Sindirim sistemi: HIV, sindirim sistemini etkileyerek ishal ve ağız içinde yaralara yol açabilir. HIV, vücudun birçok organını etkileyebileceği için genel olarak "çok organlı bir hastalık" olarak kabul edilir.