Hastane enfeksiyonuna neden olan mikroorganizmalar şunlardır: 1. Bakteriler: Staphylococcus aureus, koagülaz negatif stafilokoklar, enterokoklar, enterobakterler. 2. Virüsler: Soğuk algınlığı, kuduz, çocuk felci, SARS, grip gibi viral enfeksiyonlar. 3. Mantarlar: Kandidiyaz gibi mikroskobik mantarlar. 4. Protozoa: Malarya, kriptosporidyoz ve uyku hastalığı gibi hastalıklara yol açan tek hücreli organizmalar. 5. Prionlar: Deli Dana Hastalığı'na neden olan bulaşıcı partiküller. Bu mikroorganizmalar, hastanede bulunan diğer hastalar, sağlık çalışanları, tıbbi cihazlar ve çevre yoluyla bulaşabilir.