Frajil X sendromu otizmle aynı değildir, ancak otizmle ilişkili en bilinen genetik bozukluklardan biridir. Frajil X sendromuna sahip bireylerin yaklaşık üçte biri, iletişimi ve sosyal etkileşimi etkileyen otizm spektrum bozukluğu özelliklerine sahiptir. Ayrıca, otizm spektrum bozukluğu tanısı almış bireylerin bir kısmında Frajil X sendromu tespit edilebilir. Frajil X sendromu ve otizm arasındaki ilişki şu şekilde özetlenebilir: Davranışsal semptomlar ve benzerlik. Genetik temel. Görülme sıklığı. Frajil X sendromu ve otizm arasında önemli bir genetik ve davranışsal ilişki olsa da, her Frajil X vakası otizmle tam olarak örtüşmez ve otizmli bireylerin tümü de Frajil X sendromuna sahip değildir.