Febril nötropeni etiyolojisi, genellikle kemoterapi tedavisi sırasında kanser hücrelerinin yok edilmesi amacıyla kemik iliğine zarar verilmesi sonucu ortaya çıkar. Diğer etiyolojik faktörler şunlardır: Enfeksiyonlar: HIV, hepatit, tüberküloz, sepsis ve Lyme hastalığı gibi. Otoimmün hastalıklar: Vücut, sağlıklı nötrofilleri yok eden antikorlar üretir. Genetik nedenler: Kalıtsal nötropeni türleri. Vitamin eksiklikleri: B12 vitamini, folat veya bakır gibi. İlaçlar: Bazı antibiyotikler, antidepresanlar ve antiepileptikler.