İmmün kompleks hastalıkları, bağışıklık sisteminin aşırı reaksiyon göstermesi sonucu oluşur ve immün komplekslerin birikmesi ile karakterizedir. Bu durumun başlıca nedenleri şunlardır: 1. Genetik faktörler: HLA alelleri ve ailesel/kalıtsal yatkınlık. 2. Çevresel etkenler: İlaçlar, mikroorganizmalar, toksinler, radyasyon gibi faktörler. 3. Endojen faktörler: Hormonlar, vitamin eksiklikleri, bağırsak mikrobiyotası, yaş, kadın cinsiyet gibi etkenler. 4. Çapraz reaksiyon: Organizmanın kendi antijenlerine karşı yanıtsızlık mekanizmasının, başka bir antijenle karşılaşması sonucu bozulması. 5. Travma: Lenfoid hücrelerin, gelişimleri sırasında maruz kalmadıkları self antijenleri, travma sonrası dolaşıma girmesi. İmmün kompleks hastalıklarına örnek olarak sistemik lupus eritematozus ve romatoid artrit verilebilir.