Bronkoskopi sırasında ölüm riski yok denecek kadar azdır. Dünyada ciddi komplikasyonlar bronkoskopide girişimlerin %0,08-5’inde bildirilmiş olup, ölüm riski %0,01-0,5 (on binde bir - binde beş) arasındadır. Bronkoskopi genellikle güvenli bir işlem olsa da, kanama, enfeksiyon, pnömotoraks, bronkospazm, hipoksi, alerjik reaksiyonlar ve kalp ritim bozuklukları gibi bazı komplikasyonlar ortaya çıkabilir. Bronkoskopi yaptırmadan önce olası riskler hakkında bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.