Gevher Nesibe Şifahanesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Ameliyathaneler: Tepe aydınlatma sistemi ile donatılmış üç ameliyathane bulunmaktadır. Eczane: İlaç yapımında kullanılan bitkiler ve sebzeler, medresenin damında kurulan serada yetiştirilmiştir. Bimarhane: Akıl ve ruh hastalıkları bölümü. Hasta Odaları: Koridor çevresinde sıralanmış, kareye yakın dikdörtgen planlı, eş büyüklükte dokuz hasta odası. Koridor: Şifahane ve medrese, ortasında havuz bulunan açık bir avluda birleşen bir koridor ile birbirine bağlıdır. Şifahane bölümünde, gayrimüslim veya müslüman, zengin veya fakir ayrımı yapılmaksızın ihtiyacı olan herkesin tedavisi yapılmakta ve karnı doyurulmaktaydı.