Ömer Seyfettin'in "Gizli Mabed" hikayesi, iki ana temayı işlemektedir: 1. Din ve İnanç Meseleleri: Hikaye, Anadolu'nun bir köyünde geçer ve din adamının gözünden, halkın inançlarına ve köydeki geleneklere karşı şüpheci bir tutumu anlatır. 2. Toplumsal ve Bireysel Çatışmalar: Yazar, Türk insanının Avrupa hayranlığını eleştirir ve kendi kültürel değerlerinin farkında olmamasını eleştirir.