Göbeklitepe D Yapısı'nın ne amaçla yapıldığına dair kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, en yaygın hipotez yapının bir ibadet alanı olarak kullanıldığı yönündedir. Bazı uzmanlar ise D Yapısı'nın bir "tapınak" değil, "barınak" veya "sığınak" olarak inşa edilmiş olabileceğini düşünmektedir. Göbeklitepe'nin bir yerleşim yeri değil, avcı-toplayıcıların inanç sistemleri doğrultusunda oluşturdukları bir buluşma noktası, avlanma ve takas için inşa edilmiş bir nokta olduğu da düşünülmektedir. Göbeklitepe'deki D Yapısı, en iyi korunmuş tapınak olarak kabul edilir.