Göbeklitepe'deki sembollerin tam anlamı henüz kesin olarak belirlenememiştir, çünkü araştırmalar devam etmektedir. Ancak, bazı sembollerin olası anlamları şu şekildedir: T şeklindeki sütunlar: İnsanları temsil ettiği düşünülen bu sütunlar, dairesel bir biçimde dizilmiştir ve üzerinde hayvan, insan ve soyut varlık sembolleri kabartma veya oyma tekniğiyle işlenmiştir. C sembolü: Klaus Schmidt'e göre bu sembol, Güneş ve Ay'ı temsil etmektedir. H sembolü: Klaus Schmidt'e göre, merkezdeki iki dikilitaşı, yani boğa ve yılandan oluşan tanrısal çifti sembolize etmektedir. Yılan, tilki, boğa, panter ve turna: Bu hayvanlar en sık karşılaşılan semboller arasındadır. Ayrıca, İskoç bilim insanlarının araştırmalarına göre, Göbeklitepe'deki semboller, 13 bin yıl önce Dünya'ya çarpan bir kuyruklu yıldızın ardından yaşanan buzul çağıyla ilgili olabilir.