Baskçanın kökeni hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır, ancak bazı teoriler mevcuttur: Hint-Avrupa öncesi Avrasya kökeni: Michel Morvan, Baskçanın Hint-Avrupa öncesi Avrasya kökenli olduğunu öne sürmüştür. İber kökeni: Baskçanın, İber Yarımadası'nda daha önce konuşulan dillerle benzerlikler taşıdığı düşünülmektedir. Berberi kökeni: Bask dilinin, MÖ 218'de Hannibal Barca'nın gelişiyle birlikte Berber birliklerinin getirdiği dillerle ilişkili olabileceği öne sürülmüştür. Baskça, herhangi bir dil ile bilinen akrabalığı bulunmadığından "izole dil" olarak adlandırılmaktadır.