Gemilerde oluşan çöpler, limanlarda bulunan atık alım tesislerine boşaltılır. Ayrıca, bazı çöplerin denize boşaltılması belirli koşullar altında mümkündür: Yemek atıkları, kıyıdan 3 mil açıkta 25 mm'den küçük parçalara ayrılarak, 12 mil açıkta ise doğrudan denize boşaltılabilir. Yük atıkları, deniz ortamına zararlı değilse, kıyıdan 12 mil açıkta boşaltılabilir. Gemilerde, çöplerin denize atılmasını yasaklayan MARPOL Sözleşmesi ve bölgesel kurallar bulunmaktadır.