Doğal ve yapay sınıflandırma arasındaki farklar şunlardır: Yapay (ampirik) sınıflandırma: - Canlıları tek bir özelliğe göre gruplandırır. - Pratik ve kullanımı kolaydır. - Canlılar arasındaki gerçek ilişkileri tam olarak yansıtmaz ve bilimsel açıdan yetersiz kalır. Doğal (filogenetik) sınıflandırma: - Birden fazla ortak özelliğe göre canlıları gruplandırır. - Bu ortak özellikler, morfoloji, anatomi, fizyoloji, embriyoloji, ekoloji ve davranış gibi birçok alandan edinilir. - Daha karmaşık bir sistemdir. - Bilimsel açıdan daha doğru ve güvenilir bir yöntemdir.