663 ve 657 sayılı KHK arasındaki temel farklar şunlardır: 657 sayılı Devlet Memurları Kanunu (KHK), genel olarak devlet memurlarının çalışma koşullarını, haklarını ve yükümlülüklerini düzenler. 663 sayılı Sağlık Bakanlığı ve Bağlı Kuruluşlarının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ise, özellikle Sağlık Bakanlığı'nın teşkilat yapısını, merkez ve taşra teşkilatını, bağlı kuruluşlarını ve bu kuruluşların görev, yetki ve sorumluluklarını düzenler. Ayrıca, 663 sayılı KHK ile Sağlık Bakanlığı'nın teşkilat yapısında merkeziyetçi bir yapı oluşturulmuş, bazı ana hizmet birimleri bağlı kuruluşlara dönüştürülmüş ve taşra teşkilatında önemli değişiklikler yapılmıştır.