Ninja Kaplumbağalar çizgi filmi, herhangi bir yasaklama kararıyla doğrudan ilişkilendirilmemiştir. Ancak, kaplumbağa popülasyonuna olan etkileri nedeniyle dolaylı olarak bazı olumsuz sonuçlar doğurmuştur. 1980'li ve 1990'lı yıllarda, Ninja Kaplumbağalar'ın popülerleşmesi sonrası birçok çocuk evlerine kaplumbağa almış, ancak bir süre sonra sıkılıp bu hayvanları sokağa bırakmaya başlamıştır. Bu nedenle, Avrupa Birliği ve bazı diğer ülkeler, kaplumbağaların evcil hayvan olarak kullanılmasını ve satışını yasaklamıştır.