Ninja Kaplumbağalar arasında en iyisi olarak kabul edilebilecek tek bir karakter yoktur, çünkü her birinin kendine özgü yetenekleri ve özellikleri vardır. Bazı karakterlerin öne çıkan özellikleri: Leonardo: Grubun lideri ve en dengeli kaplumbağasıdır, dövüş sanatları konusunda uzmandır. Raphael: En sinirlisi olup, düşünmeden girdiği aksiyonlarda en iyi hareketlerini sergiler. Michelangelo: Çizgi romanlara ve korku filmlerine ilgi duyar, sakarlığı ve yaramazlığıyla dikkat çeker. Donatello: Teknolojik deneylerle uğraşır ve kaplumbağalar için gelişmiş donanımlar yapmaya çalışır.