Ninja Kaplumbağalar: Gölgelerin İçinden filminden sonra, Ninja Kaplumbağalar serisi şu şekilde devam etti: 1. Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası (Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem). 2. Ninja Kaplumbağalar çizgi romanı, Arkabahçe Yayınları tarafından Geçmişin Gölgeleri (Ninja Kaplumbağalar Cilt 3) adıyla yayımlandı.